佛珠最主要的注意事項基本上就只有一條，就是清凈。如果細說起來，可以有以下幾點注意事項：

1、不要手腕上帶著念珠去衛生間方便，如果需要去的話可以將念珠摘下放在上衣口袋里，夏天可以貼身掛在脖子上。

2、不要在夫妻同睡的情況下戴念珠或者放在床邊。

3、吸煙或者用手觸摸過從蔥、蒜、韭菜或者飲酒時佩戴念珠，更不要將煙吐到念珠上。

4、念珠不使用和佩戴的時候應當放在佛堂里或者佛像跟前，有熏香的行人可以在每天早上起來使用之前用熏香熏一下。

5、不要隨意觸摸其他人的念珠。

6、念珠不要放在褲子兜里，更不要放在屁兜里。

7、念珠掛在脖子上或者掛在墻上時應該將佛塔向上。

8、請不要用摸過肉或者魚等不潔凈東西的手觸摸念珠，在摸念珠之前應當洗手。

9、在計數的時候，每念完一串的時候，不要將念珠翻轉以后再計數要不間斷的循環計數。相反轉念珠計數這樣做的人說是不越過佛頭，這是不正確的，應當在同方向繼續撥動計數。任何的經典也沒有翻轉以后計數這樣的記載。在漢地的各個宗派中，正統的教授中也沒有這樣的說法，按照藏傳佛教的說法這樣的翻轉念珠計數是中斷魔在作怪，是正法衰敗引起的魔法亂教的現象。按照漢傳各宗的說法是，法輪應當同向旋轉不會忽然向順時針又忽然向逆時針轉，所以也沒有將念珠反方向調轉的規則。前者藏傳佛教對于此事說得比較嚴重，后者比較松，但是應當引起使用者對此事足夠的注意。而不應當向很多所謂的大師說的那樣“根據自己保持的習慣”“如果在第八識已經有了這種翻轉念珠的種子就不必改變這個習慣”這都是一種退轉正法的行為，是不可取的。要知道無論是中觀宗還是法相宗都不承認第八識的實有，這在很多的論述中都有論及，所以像前面的那種所謂的“第八識的”“種子”的說法是不正確的。如果你到印度或者尼泊爾或者康藏地區，這樣的翻轉念珠將是一種很奇怪的行為。因為在古代無論是佛教的發源地還是融合了唐朝時期印度佛教和漢傳佛教的西藏佛教，延續至今都沒有這個傳統。

10、不要在持念的時候隨意掄動或擺動念珠，要在腰部以上的位置嚴肅的鄭重的計數。

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