水晶和瑪瑙的化學成分都是二氧化硅，但二者還是有一些區別，水晶是單晶體，一塊水晶通常是一個水晶晶體，而瑪瑙則是多晶集合體，在電子顯微鏡下看到瑪瑙則是由無數微小的二氧化硅的晶體組成，所以通常瑪瑙是半透明的，而水晶則是透明的。兩者在很多情況下還會共生，就會形成水晶店銷售的水晶洞。

瑪瑙種類繁多，素有“千樣瑪瑙萬種玉”之說，所以鑒別方法也很多，通常以紋帶、顏色、透明度、裂紋、雜質、砂心和塊重為分級標準，除水膽瑪瑙最為珍貴外，一般以搭配和諧的俏色原料為佳品。

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