藥師瑪瑙珠過去是一種吉祥物而且具有貿易珠及避邪作用的功能。由于外形呈圓形，很適宜用來當念珠使用，尤其是佛教弟子以藥師珠來修持藥師法門，更可達到心神合一的效果，吉祥如意，所求愿滿。但要注意的是，藥師珠串成項鏈或手鏈使用時，最好在中間放置軟質的隔珠，以免磨損。

另外說法此類珠子是藥師佛手執之念珠,藥師珠代表藥師佛的佛眼庇佑。因藥師佛修法選用此珠，故而得名。可當做念珠使用，尤其在修藥師法門時使用，在藏傳佛教的宗教用品中有著重要得地位，深受信徒與收藏家得青睞，在古老得藏醫學中，品質上乘得藥師珠還可以做入藥之用。老藏醫認為借助一些大自然神秘得力量可以達到驅邪避諱得作用。藥師佛手持之念珠，讓人少煩惱,增福壽、解除煩憂、消除惡氣、平安順心,增福增壽，具有財源廣進事業順利平安吉祥健康的意義，適合各種生相大德。藥師佛又叫做藥師如來、大醫王佛、十二愿王。為東方凈琉璃世界之教主等稱號。據《藥師琉璃如來本愿功德經》載，日光遍照菩薩與月光遍照菩薩同為藥師佛的二大脅士。月光菩薩和日光菩薩同為無量無數菩薩眾之上首，依次遞補佛位，悉能持藥師如來之正法寶藏。

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