水晶和水草瑪瑙的化學成分都是二氧化硅，但二者還是有一些區別，水晶是單晶體，一塊水晶通常是一個水晶晶體，而水草瑪瑙則是多晶集合體，在電子顯微鏡下看到水草瑪瑙則是由無數微小的二氧化硅的晶體組成，所以通常水草瑪瑙是半透明的，而水晶則是透明的。顏色

真水草瑪瑙色澤鮮明光亮，假瑪瑙的色和光均差一些，二者對比較為明顯。

質地

假水草瑪瑙多為石料仿制，較水草真瑪瑙質地軟，用玉在假瑪瑙上可劃出痕跡，而真品則劃不出。

工藝

優質水草瑪瑙的生產工藝嚴格且先進，故表面光亮度好，鑲嵌牢固、周正，無劃痕、裂紋。

透明度

真水草瑪瑙透明度不如人工合成的好，稍有混沌，有的可看見自然水線或“云彩”，而人工合成的瑪瑙透明度好，象玻璃球一樣透明。

重量

真水草瑪瑙首飾比人工合成的瑪瑙首飾重一些。

溫度

真瑪瑙冬暖夏涼，而人工合成瑪瑙隨外界溫度而變化，天熱它也變熱，天涼它也變涼。

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