淡水珍珠與海水珍珠（以南珠為例）的養殖技術是不同的，因此結構也有所不同。淡水珍珠是無核的，所有的成分都由珍珠質組成，因此若以淡水珍珠制成珍珠粉，不存在其它物質混雜。而海水珍珠是有核的，其核一般由豬蹄蚌的貝殼磨成，珍珠質僅覆蓋于表面，厚0.1~0.3毫米，生長期1年左右（淡水珠達4~5年），因此海水珍珠外圍的珍珠質較薄，若以海水珠全部磨粉，則其中只有少量的珍珠質，大部分是貝殼粉，所以藥用或美容效果不好，但如果海水珍珠要加工成100%的珍珠粉，必須先去掉內核，成本很高，也不易加工。

另外，海水珍珠多因有內核，其形狀比較好控制，大多都比較規則，所以用做裝飾品或手飾價值會更高，只有少部分不規則無裝飾價值的海水珍珠用來做珍珠粉，所以海水珍珠粉的產量也不高。在藥典中，海水珍珠和淡水珍珠是可以同等入藥的。科學分析發現，淡水珍珠與海水珍珠的成分是有區別的，淡水珍珠有3種氨基酸含量較海水低，2種與之持平。

第一點：珍珠粉，是由珍珠的有效成分經過科學方法加工而成，而其中海水珍珠是在礦物質及各類營養物質非常天然，豐富的大海里孕育出來的，海水珍珠在冰涼的大海里里讓海水珍珠更加清涼，滋潤，消炎等功效；淡水珍珠是在湖或者人工池塘等淺水中生成的。二者的生長環境不同，所含的礦物質及微量元素也肯定不同，其二者的功效也肯定不同了，近幾年，淡水受污染嚴重，淡水珍珠粉的功效已經大大小于海水珍珠粉。

第二點：海水珍珠的產量極低，一般平均三只貝才可產一粒海水珍珠；淡水珍珠的產量倒是比較高，據現在全國甚至全世界最大的淡水珍珠養殖基地——湖南岳陽的介紹，平均每一貝可產淡水珍珠6--8粒，所以可以想象,海水珍珠的價格比淡水珍珠的價格相對高得多；

第三點：也是最關鍵的一點，由于中國近十多年的發展，環境污染越來嚴重,加上淡水養殖主要靠飼料飼養，產量高但其產品無機物質含量較高，而具有美容保健作用的有機物質含量很低。海水有天然礦物質和營養成份，海水污染相對較少（特別是北海的海域污染更加少，北海的空氣也是全國最好的三個城市之一，全國最大的氧吧之稱）浮生物也較多，珍珠比較天然（養殖的海水珍珠，也是靠大海的自身提供的營養，而不是用飼料另一養大的）經過大海的孕育，低產量的海水珍珠能保證其有機質含量，這對美容保健非常的關鍵的作用；

第四點：海水珍珠的開關比較正圓，光澤也好，而淡水珍珠的開關多呈橢圓形，米粒形等。海水珍珠的光澤更加晶瑩剔透，光芒四射，淡水珍珠相對缺少這種柔美的光澤！

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